В то же время в дискуссии о фильме промелькнули трезвые догадки об истинном замысле режиссёра Роланда Жоффе, который не до конца был удовлетворён сценарием признанного английского драматурга Роберта Болта и хотел, прежде всего, показать на примере судьбы племени гуарани «первый Вьетнам» и «эмоционально проникнуть», по словам самого Жоффе, в трагедию народа, беззащитного перед другой цивилизацией. Его предыдущая лента «Поля смерти», рассказавшая о терроре «красных кхмеров» в Кампучии, как раз внутренне связана со второй работой в кино талантливого британского постановщика. Он стремился подчеркнуть в «Миссии» актуальность сюжета, действие которого разворачивается в XVIII веке, для реальности современной Латинской Америки, где продолжается борьба за свободу, а люди противостоят насилию, как это было во Вьетнаме или в Кампучии.
Иезуит Габриэль пытается со смирением и любовью завоевать доверие индейцев, создать в джунглях утопическую христианскую общину. А Мендоса, охотник за рабами-индейцами, однажды вдруг потерял всякий смысл жизни и вновь обрёл его лишь после изнурительного обряда покаяния. Эти две истории словно подготавливают зрителей к самому главному моменту картины, ради которого она, может, и снята. Отказ Габриэля и Мендосы подчиниться воле епископа, вступившего в соглашение с португальскими колонизаторами, приводит к кровопролитию, жестокому уничтожению миссии португальцами.
Вот почему образы главных героев, приносящих себя в жертву идее, приобретают широкий нравственный масштаб. По высказыванию Роланда Жоффе, он делал фильм о «красоте жертвоприношения», о «желании самопожертвования, которое мы давно утратили». Поэтому и название, имеющее в английском языке вполне конкретный смысл (миссия - как место, где основали иезуиты свою религиозную общину), получает более важное метафорическое значение: миссия - это высшее предназначение человека.
Оказавшись на одном кинофестивале в Канне и перекликаясь во многом с проблемами финального произведения Андрея Тарковского «Жертвоприношение», лента «Миссия» была удостоена главного приза, хотя ФИПРЕССИ и экуменическое жюри всё-таки отдали свои награды картине нашего соотечественника. Визуальный дар оператора Криса Менджиса, снявшего этот фильм Жоффе более живописно и многокрасочно, в отличие от «Полей смерти», вновь был отмечен премией «Оскар».
В прекрасном дуэте исполнителей главных ролей особенно поражает Роберт Де Ниро в качестве Мендосы, неподражаемо органичный и убедительный в каждом миге своего пребывания на экране. Он немногословен, но до мельчайших нюансов постигает борение человеческого духа внутри персонажа, находя точное выражение его состояния, в первую очередь - в яростном сдерживании себя и смирения во время обета покаяния, а также в предсмертном взгляде на своего соратника по самопожертвованию. А Джереми Айронс в роли Габриэля сумел избежать банального показа героя в ореоле мученика - напротив, романтическое, несколько не от мира сего благородство и любовь к людям заставляют более эмоционально воспринять его христианское пассивное сопротивление.